中南大学计算机学院、生物信息学湖南省重点实验室成员林翠香博士在组织特异性人类基因功能网络构建领域取得重要研究成果。该研究成果以“TissueNexus: a database of human tissue functional gene networks built with a large compendium of curated RNA-seq data”为题，在国际权威期刊《Nucleic Acids Research》(IF=16.971)上在线发表。
基因功能网络是绘制基因与基因之间功能关系的一种重要模型。构建组织特异性或细胞类型特异性的基因功能网络对于理解人类生理学及疾病具有重大的意义。因此，我们提出TissueNexus，该数据库整合了人类多组学数据以及49种人类组织/细胞的RNA-seq数据构建的组织特异性基因功能网络。我们采用了XGBoost方法用于数据整合，刻画了基因与基因之间的非线性关系，弥补了贝叶斯分类器在基因组学数据非线性特性建模能力的不足。本数据库包含了1341个RNA-seq数据集，涵盖了52087个样本。进一步开发了友好的数据库界面进行网络方面的搜索，可视化以及功能分析。最后，我们进一步阐述了TissueNexus在疾病基因预测中的应用，其预测能力明显优于目前已公布的同类型网络。
TissueNexus数据库概览
王建新教授团队长期致力于计算机算法与优化、生物信息学、医学影像分析等方面研究。该研究工作得到国家自然科学基金、高等学校学科创新引智计划、湖南省科技计划等基金支持。