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基于并行计算的基因序列处理综述

2021年03月29日 11:47  点击:[]



中南大学计算机学院、生物信息学湖南省重点实验室成员博士研究生邹有、硕士研究生朱粤婕在国际生物信息学权威期刊《Briefings in Bioinformatics》(IF=8.990, JCR1区Top期刊)以论文形式在线发表了题为“Parallel Computing for Genome Sequence Processing”的研究成果。



随着测序技术的发展,基因序列数据的快速增长,海量的基因序列分析与应用面临着巨大的挑战。并行计算技术是提高基因序列数据处理效率的重要手段。该研究从序列比对、SNP检测、序列预处理以及序列模式检测四个常见的应用场景出发,结合多核计算、集群计算、异构计算等并行计算模式的特点,对不同计算模式下的序列分析工具和算法进行比较和分析。该研究可为从事基因序列分析研究的人员选择合适的编程模型和序列分析工具提供参考,也对并行计算在基因序列处理中的发展和未来工作提出了讨论和展望。

王建新教授团队长期致力于计算机算法与优化、生物信息学、医学影像分析等方面研究。该研究工作得到国家自然科学、高等学校学科创新引智计划、湖南省科技计划等基金支持。


多核计算、集群计算和异构计算差异



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