中南大学计算机学院、生物信息学湖南省重点实验室成员2019级硕士研究生文仲琪同学在国际生物信息学权威期刊《Briefings in Bioinformatics》(IF=9.101, JCR1区Top期刊)以论文形式在线发表了题为“A Survey on Predicting Microbe-Disease Associations: Biological Data and Computational Methods”的研究成果。该研究成果对已有的微生物疾病关联关系的预测研究进行了比较、分析，对未来的工作进行了展望。本文的第一作者为2019级硕士研究生文仲琪和博士后严承，王建新教授为唯一通讯作者，中南大学为唯一通讯单位。
随着微生物组学研究的发展，越来越多的研究已经证明微生物与人类疾病是息息相关的，扮演着非常重要的角色。因此，确认微生物和疾病之间的关联关系对系统的理解疾病的致病机制、诊断和治疗疾病和开发基于微生物的药物来说是非常具有意义的。
文仲琪同学在大四本科毕业设计的时候进入生物信息学湖南省重点实验室，并围绕着微生物疾病关联关系预测开展了其本科毕业设计。通过阅读了大量的文献，对多种算法进行实现，根据得到的实验结果进行比较和分析，按照自己的理解概述了当前微生物疾病关联关系预测方面的研究现状。然后在此基础上，提出了未来微生物疾病关联关系需要考虑的重点内容。具体包括在基础数据集、微生物和疾病的新的特征、模型的改进等方面。本文依托其本科毕业设计的基础，通过研一这段时间的进一步完善，并最终发表在《Briefings in Bioinformatics》上。
王建新教授团队长期致力于计算机算法与优化、生物信息学、医学影像分析等方面研究。该研究工作得到国家自然科学、高等学校学科创新引智计划、湖南省科技计划等基金支持。
微生物-疾病关联预测方法的典型模式