中南大学计算机学院、生物信息学湖南省重点实验室成员2022级博士邓超在癌症基因组研究领域取得重要研究成果。该研究成果以Identifying new cancer genes based on the integration of annotated gene sets via hypergraph neural networks为题，被国际计算生物学顶级会议ISMB 2024 (International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2024)接收。
识别癌症基因仍然是癌症基因组学研究中的重大挑战。注释基因集编码多个基因之间的功能关联，并且癌症基因已被证明聚集在标志性信号通路和生物过程中。目前，癌症基因预测方法的研究主要集中在生物网络中癌症基因的二元关联，而忽略了癌症基因在生物过程和信号通路等注释基因集中的功能关联。因此，该研究提出了疾病特异性超图神经网络（DISHyper），这是一种基于超图的计算方法，它整合了多种类型注释基因集的知识来预测癌症基因。首先，基准测试结果表明DISHyper优于现有的最先进方法，并突出了使用超图来表示带注释基因集的优势。其次，使用功能验证结果和多个独立的功能基因组数据来验证DISHyper预测的癌症基因的准确性。最后，模型预测了44个新的癌症基因，随后的分析表明它们与多种类型的癌症存在显着关联。该研究为癌症基因识别方法提供了新的视角，并揭示了以前未被发现的癌症基因，这不仅拓展了我们对癌症发病机制的理解，还为未来的治疗和研究提供了潜在的靶点和方向。ISMB会议领域主席Natasa Przulj和Bo Wang对该研究做出高度评价，他们称DISHyper代表了癌症基因预测方法的重大进步并对 DISHyper为理解和识别癌症相关基因做出重大贡献的潜力充满信心。
王建新教授团队长期致力于计算机算法与优化、生物信息学、医学影像分析等方面研究。该研究工作得到国家重点研发计划以及中南大学高性能计算平台的支持。